Lembaga Koordinasi Wilayah di Indonesia memiliki sejarah perkembangan yang cukup panjang, masih menjadi daerah jajahan Belanda dengan nama Hindia Belanda, system pemerintahan bersifat sentralitistis, urusan-urusan Pemerintahan Pusat maupun urusan Pemrintahan Daerah sampai sekecil-kecilnya diselenggarakan oleh Pemerintahan Pusat, yaitu terpusat ditangan Governeur Genaral. Berdasarkan Undang-Undang Pemerintahan Hindia Belanda, yang lebih dikenal Regerings Reglement (RR) yang dimuat dalam Stactsblad tahun 1854 yang diberlakukan tanggal 1 Mei 1855, maka Hindia Belanda dibagi atas daerah adminstratif : Gewest, yang dipimpin oleh seorang Resident Afdeling, yang dipimpin oleh Asisten Resident Oderafdeling, yang dipimpin oleh Controleur Pada masa tersebut tugas Koordinasi wilayah dipegang oleh Residen sebagai pejabat pusat yang juga merupakan Kepala Wilayah Pemerintahan Karesidenan. Dalam menjalankan tugas pokok dan fungsi sebagai pengawas, memperoleh delegasi wewenang dari Pemerintah Pusat. Kewenangan Residen bertanggung jawab atas kelancaran segala kegiatan di bidang Pemerintahan yang ada di wilayahnya. Dalam perkembangan seklanjutnya, pada tahun 1922 Pemerintah Belanda mengeluarkan perubahan susunan pemerintahan, yang dikenal dengan sebutan Bestuursher Vorming Wety (1922), dengan jenjang Pemerintahan : Governeur General (Gubernur Jenderal) Governeur (Gubernur) Resident (Pembantu Gubernur) Assisten Resident (Bupati) Controleur (Wedana) Aspirant Controleur (Camat) Sejalan dengan perubahan susunan Pemerintahsn Hindia Belanda kedudukan Resident berubah menjadi Kepala Pemerintahan wilayah mewakili Governeur. Resident harus melaksanakan perintah Governeur dan berkewajiban mengawasi aparat Kabupaten serta mengawasai jalannya Pemerintahan dalam wilayahnya. Pada masa tersebut jabatan Governeur Jenderal. Governeur dan Resident hanya dipegang oleh bangsa Belanda dan jabatan lainnya yaitu Asisten Resident sampai Aspirant Controleur di jabat oleh bangsa Indonesia (Pribumi). Pada masa Pemerintahan pendudukan Jepang (1942-1945) fungsi, peranan, wewenang Resident dikembalikan penuh seperti pada keadaan pada tahun 1854, yaitu sebagai Kepala Wilayah Karesidenan Kepresidenan (Syuu) yang dijabat oleh Syuu Cokan juga dari bangsa Jepang, dimana administrasi pemerintahan oleh wilayah Jawa dan Madura terbagi atas 17 Syuu yang mempunyai tugas menjalankan Undang-Undang, mengurus dan mengawasi pemerintahan dibawah Karesidenan. Pada awal masa Pemerintahan Republik Indonesia, Resident merupakan organ pemerintahan Pusat yang mempunyai hak dan Kewajiban cukup banyak yang dasarnya adalah Undang-Undang (Ordonantie). Resident adalah Pamong Praja yang ditugaskan sebagai wakil Pemerintah Pusat disuatu daerah Pemerintahan. Selanjutnya dengan keluarnya Undang - Undang Nomor 5 Tahun 1974 tugas Koordinator Wilayah Provinsi dibebankan kepada Pembantu Gubernur melalui : Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 131 Tahun 1978 tentang Pedoman Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kantor Pembantu Gubernur. Ilustrasi Menteri Dalam Negeri No. 13 Tahun 1988 tentang Pelaksanaan Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 131 Tahun 1978. Pada Tingkat Provinsi Jawa Timur dikeluarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Timur Nomor 640 Tahun 1988 tentang Petunjuk Pelaksanaan Menteri Dalam Negeri Nomor 13 Tahun 1988 dan Pelaksanaan Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 131 tahun 1978. Sesuai Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 131 Tahun 1978, pembantu Gubernur merupakan Pejabat Pemerintahan Pusat dalam rangka dekonsentrasi dan bertugas membantu Gubernur dalam mengkoordinasikan, mengawasi dan membina penyelenggaraan Pemerintahan Umum dan Pembangunan yang dilaksanakan oleh Bupati /Walikotamadya KDH Tingkat II dalam wilyah kerjanya. Khusunya dalam penyelenggaraan koordinasi Pembantu Gubernur diberikan kewenangan yang cukup besar oleh Gubernur untuk mengkoordinasikan kegiatan-kegiatan yang menyangkut lintas Kabupaten/Kota melalui Keputusan Gubernur Nomor 640 tahun 1988. Bergulirnya reformasi membawa konsekuensi terhadap perubahan tata pemerintahan di Indonesia dengan dikeluarkannya Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang menghapus lembaga pembantu dalam tata pemerintahan di Indonesia. Sebagaimana diatur dalam Undang - Undang Nomor 22 Tahun 1999 dinyatakan bahwa Otonomi Provinsi adalah Otonomi terbatas, sedangkan otonomi yang luas yang utuh pada daerah Kabupaten/Kota. Pada dasarnya tugas-tugas yang dilaksanakan Pemerintah Provinsi meliputi tugas asas desentralisasi, dekonsentrasi dan medebewin (tugas pembantuan) yaitu : Kewenangan yang bersifat lintas Kabupaten/Kota. Kewenangan dalam bidang Pemerintahan tertentu dan dalam rangka koordinasi,pengawasan, pembinaan dan pengendalian. Kewenangan yang tidak atau belum dapat dilaksnakan oleh daerah Kabupaten/Kota. Kewenangan disebagian wilayah laut. Kewenangan pembinaan sumber daya nasional/sumber daya manusia, sumberdaya alam dan sumberdaya buatan. Selain tugas-tugas diatas, Pemerintah Provinsi juga diberi amanat untuk menjadi fasilitator terjadinya Otonomi luas dan utuh di Kabupaten/Kota agar cepat mandiri, serta sebagai perekat dan penyerasi hubungan Pemerintahan dengan daerah Kabupaten/Kota dalam konteks Negara Kesatuan Republik Indonesia. Mengingat beratnya beban tugas Gubernur, maka Jawa Timur dibentuk Lembaga Bakorwil Malang dengan Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 5 tahun 2001 tentang Badan Koordinasi Wilayah Provinsi Jawa Timur. Pembentukan lembaga ini sesuai dengan pasal 65 Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999, dimana ditegaskan bahwa di daerah dapat dibentuk lembaga tekniks sesuai kebutuhan daerah, sedangkan Nomenklatur, jenis dan jumlah unit organisasi ditetapkan Pemerintah Daerah Berdasarkan kemampuan, kebutuhan dan beban kerja sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 84 tahun 2000. Pertimbangan lain yang melatarbelakangi dibentuknya Badan Koordinasi Wilayah yaitu : Perlunya rentang kendali mengingat Provinsi Jawa Timur terdiri dari 38 (tiga puluh delapan) Kabupaten/Kota dengan kondisi geografis, dan sosialisasi budaya yang berbeda. Terbatasnya sumberdaya alam pada semua Kabupaten/Kota dan adanya kewenangan yang belum/ tidak dapat dilaksanakan memungkinkan daerah melakukan kerja sama pada akhirnya dapat pula terjadi perselisihan antar daerah. Oleh karena itu Gubernur sebagai wakil pemerintahan harus memfasilitasinya. Pelayanan masyarakat yang kurang optimal, karena belum memenuhi pada Standart Pelayanan Minimal (SPM) dimungkinkan timbulnya keluhan dari masyarakat, sehingga harus didorong. Provinsi Jawa Timur sudah berdiri 4 Bakorwil yakni di Pamekasan, Bojonegoro, Madiun, dan Malang. Gubernur Jawa Timur berkeinginan untuk merevitalisasi fungsi Bakorwil di ruanglingkup Pemerintahan Provinsi Jawa Timur. Berdasarkan Peraturan daerah Provinsi Jawa Timur No. 16 Tahun 2016 dan Peraturan Gubernur Jatim No. 134 tahun 2016 dibentuklah 1 Bakorwil lagi di wilayah Jember yang membawahi Kabupaten Banyuwangi, Lumajang, Situbondo, Bondowoso, dan Kabupaten/Kota Probolinggo.