Bakorwil dipimpin oleh Kepala Bakorwil yang berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah Provinsi. Bakorwil Jawa Timur tersebar di beberapa daerah Kabupaten/Kota di Jawa Timur. Hal ini berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 16 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Badan Koordinasi Wilayah Pemerintahan dan Pembangunan Provinsi Jawa Timur, pada Pasal 2 disebutkan bahwa Bakorwil meliputi:
- Bakorwil I berkedudukan di Kota Madiun;
- Bakorwil II berkedudukan di Kabupaten Bojonegoro;
- Bakorwil III berkedudukan di Kota Malang;
- Bakorwil IV berkedudukan di Kabupaten Pamekasan; dan
- Bakorwil V berkedudukan di Kabupaten Jember.
Pada Bakorwil III yang berkedudukan di Kota Malang dengan wilayah kerjanya yaitu:
- Kabupaten Malang;
- Kabupaten Pasuruan;
- Kabupaten Sidoarjo;
- Kabupaten Blitar;
- Kota Blitar;
- Kota Malang;
- Kota Batu;
- Kota Pasuruan; dan
- Kota Surabaya.
Sebagai unsur pembantu Gubernur Provinsi Jawa Timur, Bakorwil III Jawa Timur di Malang memiliki tugas yaitu membantu Gubernur melakukan koordinasi pembinaan, pengawasan, supervisi, monitoring dan evaluasi penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan dan tugas pembantuan serta optimalisasi pengembangan potensi Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota.
Adapun fungsi dari Bakorwil III Jawa Timur di Malang adalah untuk pengoordinasian pembinaan, pengawasan, supervisi, monitoring, dan evaluasi penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan dan tugas pembantuan serta optimalisasi pengembangan potensi Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota.