Badan Koordinasi Wilayah Pemerintahan dan Pembangunan III Malang saat ini dipimpin oleh seorang Kepala Badan yaitu Asep Kusdinar, S.Hut., M.H. Susunan organisasi Bakorwil dimuat dalam Pasal 3 Ayat 1 Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 134 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Badan Koordinasi Wilayah Pemerintahan dan Pembangunan Provinsi Jawa Timur adalah sebagai berikut:
- Sekretariat, membawahi Sub Bagian Umum dan Kepegawaian, Sub Bagian Penyusunan, Program dan Anggaran, dan Sub Bagian Keuangan.
- Bidang Pemerintahan, membawahi Sub Bidang Pemerintahan I dan Sub Bidang Pemerintahan II.
- Bidang Pembangunan Ekonomi, membawahi Sub Bidang Pembangunan Ekonomi I dan Sub Bidang Pembangunan Ekonomi II.
- Bidang Kemasyarakatan, membawahi Sub Bidang Kemasyarakatan I dan Sub Bidang Kemasyarakatan II.
- Bidang Sarana dan Prasarana, membawahi Sub Bidang Sarana dan Prasarana I dan Sub Bidang Sarana dan Prasarana II.
- Kelompok Jabatan Fungsional.
Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Bakorwil. Masing-masing Bidang dipimpin oleh Kepala Bidang yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Bakorwil. Masing-masing Sub Bagian dipimpin oleh Kepala Sub Bagian yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Sekretaris. Masing-masing Sub Bidang dipimpin oleh Kepala Sub Bidang yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Bidang, dimana sesuai dengan struktur organisasi yang ada pada Gambar Berikut.
